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Hay dos formas básicas de amoníaco que se tratan en acuarios: amoníaco no ionizado (NH3), que es tóxico y amoníaco ionizado (NH4), que no es esencialmente tóxico.

Sin entrar en una larga explicación científica sobre cómo y por qué los átomos son atraídos y repelidos por los átomos, simplemente acepte que si un átomo de ázoe tiene 3 átomos de hidrógeno unidos es malo, si tiene 4 átomos de hidrógeno unidos, es bueno.

El nivel de pH (potencia del hidrógeno) en su tanque determina cuántas de las moléculas de amoníaco son tóxicas o no tóxicas. Si el pH del agua de su tanque es de 8.3, la mayoría o todas las moléculas de amoníaco serán la variedad NH3 (tóxica). Si su pH es 7.5, la misma cantidad de amoníaco en su tanque será 1/5 como tóxico porque aproximadamente 4 de 5 de las moléculas de amoníaco serán la variedad NH4 (no tóxica).

Algunas personas cometen el error de realizar un cambio parcial de agua para compendiar los niveles de amoníaco durante el proceso de ciclismo. Normalmente, cuando los niveles de amoníaco aumentan, el pH disminuye al mismo tiempo. Al realizar un cambio parcial de agua, los niveles totales de amoníaco pueden disminuir tenuemente, pero el pH además aumentará (el objetivo de moderación del agua salada nueva), lo que aumentará la toxicidad del amoníaco restante. Un método más seguro para compendiar los niveles de amoníaco sería usar un producto neutralizador de amoníaco como Amquel, y luego realizar un cambio de agua para «refrescar» el agua, si lo desea.

Al ajustar su nivel de pH, ya sea con destino a en lo alto o con destino a debajo, es importante hacerlo lentamente. Si el pH se cambia demasiado rápido, los bichos de su tanque pueden sufrir un «shock de pH», que puede ser triste. Los animales más sensibles en su tanque no pueden tolerar un cambio de pH de más de 0.5 unidades por día, sin retención, la mayoría de los peces pueden manejar un cambio de 0.5 en un par de horas sin ningún problema.

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